Schulträger ist der Förderverein „Freie Waldorfschule Bothfeld e.V." Dessen Vorstand setzt sich aus Eltern und Lehrern zusammen. Das Tagesgeschäft erledigt die hauptamtliche Geschäftsführung. Entscheidungen, die die Schule als juristische Person betreffen, werden hier in die Wege geleitet.
Über das tägliche Leben an der Schule beraten drei Konferenzen: die Pädagogische, die Technische und die Schulführungskonferenz. Der Vorstand und die Schulführungskonferenz sind das Leitungsgremium der Schule.
Darüber hinaus arbeiten in der Schulgemeinschaftskonferenz die Elternvertreter der Klassen, Lehrer und Oberstufenschüler zusammen. Behandelt werden alle Fragen und Anliegen aus der Schulgemeinschaft. Diese Konferenz tagt öffentlich.
Eltern und Lehrer engagieren sich in zahlreichen Arbeitskreisen, wie beispielsweise dem Bau-, Finanz-, Energie- oder Personalkreis.
